目前，针对分子生物学实验有多种技术方法，那么我们该如何判断选择哪种方法适合呢？我们需要去了解实验方法的特性。无非就是用某种特定的刺激物(如细胞活素)去刺激一些细胞或组织，让它们high起来，然后分析细胞对这些外源刺激物的反应，检测细胞内哪条信号通路被激活或失活，或者什么蛋白被分泌出来。每一种实验方法都有它的特性，下面就以下几种方法做介绍：

 1、酶联免疫吸附剂测定（ELISA）：

  酶联免疫吸附测定enzyme linked immunosorbent assay(ELISA)如果要看看细胞外如何，比如细胞培养上清液或体液中的某种蛋白质分泌情况，则通常选用ELISA，从而获知相应基因的活性。

 2、表面等离子体共振（SPR）：

  表面等离子共振(Surface Plasmon Resonance，SPR)除了研究蛋白-蛋白相互作用(例如受体-配体相互作用)，还有可研究小分子-蛋白或细胞-蛋白的相互作用。这种方法不需要标记蛋白(荧光标记或同位素标记)，还可以实时定量分析这些相互作用的亲和力、热力学、动力学特性。SPR是分析动力学和亲和力的金标准。

 3、电泳迁移率实验（EMSA）：

  电泳迁移率实验(Electrophoretic Mobility Shift Assay，EMSA)初用于检测DNA结合蛋白与相应的DNA序列结合的情况，可做定性和定量分析，包括细胞核中的转录因子(如NF-kB )的活性等等，现在也常用于研究RNA结合蛋白和相应的RNA序列相互作用。

  这些分析用酶联免疫吸附实验(Eenzymelinked ImmunosorbentAssay，ELISA)也可以做，原理差不多。

 4、聚合酶链式反应（PCR）：

  PCR(Polymerase Chain Reaction)或Real Time PCR可以把特定的DNA序列大幅扩增，便于检测活性基因的表达情况。而且PCR用途很广。

  5、免疫印迹实验（WB）：

  免疫印迹实验(Western Blot，WB)可检测信号通路中某种蛋白质的特性、表达和分布，分析容量大、敏感度高、特异性强。建立蛋白质的个人档案。

  但至于蛋白-蛋白相互作用则要用另一种复杂的方法，即免疫共沉淀法(Co-immunoprecipitation，Co-IP)，它接近细胞内的生理情况，是以成为经典方法。